Koulun hyvinvointiprofiilin kyselyt kehitettiin vuonna 2004 Koulun hyvinvointimalliin ja aiempiin tutkimuksiin perustuen (Konu 2002). Ne testattiin Pirkanmaan sairaanhoitopiirin Mielenterveystyön hankkeen Koulumiete-projektissa (Konu & Gråsten-Salonen, 2004). Koulun hyvinvointiprofiilin ensimmäisen internet-version (http://www10.edu.fi/hyvinvointiprofiili/) tekivät Anne Konu, Tomi Lintonen (Tampereen yliopisto, Terveystieteen laitos), Lauri Kainulainen ja Hannu Kivimäki.
Rahoitusta siihen saatiin STM:n terveyden edistämisen määrärahasta Koulumiete-projektin kautta, Opetushallituksesta ja Hyvitestä (Pirkanmaan käyttäjäkeskeinen hyvinvointiteknologia -hanke) Clas-Håkan Nygårdin (Tampereen yliopisto, Terveystieteen laitos) kautta. Koulun hyvinvointiprofiilin internet -sivuston suunnittelusta ja ohjelmoinnista vastasivat Lauri Kainulainen ja Hannu Kivimäki Tampereen yliopiston Tietojenkäsittelytieteiden laitokselta.
Kansainvälisen hyvinvointiprofiilin (the School Well-being Profile; http://www.schoolwellbeing.eu/) kehittivät vuonna 2010 Anne Konu, Tomi Lintonen ja Lauri Kainulainen. Palvelun kehitys aloitettiin alusta, täysin uuden teknisen alustan päälle. Tähän saatiin pieni osittaisrahoitus Tampereen Yliopiston TULI-rahasta. Lauri Kainulainen vastasi koko palvelun teknisestä suunnittelusta ja toteutuksesta.
Vuonna 2016 Helsingin opetusviraston aloitteesta päivitettiin Hyvinvointiprofiilin kysymykset sekä kehitettiin palveluun kaksi uutta osiota: vahvuudet ja voimavarat sekä digimaailma. Työryhmä Markus Salonen, Raija Nummelin, Vesa Nevalainen, Sanna Ranto, Anne Konu ja Lauri Kainulainen suunnittelivat uuden hyvinvointiprofiilin (https://koulunhyvinvointiprofiili.fi/). Ruotsiksi sen käänsi Yaira Obstbaum ja englanniksi Tomi Lintonen.
Uusi Koulun hyvinvointiprofiili pohjautuu joiltain teknisiltä osiltaan kansainväliseen versioon, mutta käytännössä on kyse kokonaan uudesta palvelusta, jossa on enemmän ominaisuuksia sekä paranneltu ulkoasu ja käyttöliittymä.
Lauri Kainulainen vastasi koko internet-palvelun teknisestä suunnittelusta ja toteutuksesta; hän vastaa myös palvelun ylläpidosta. Helsingin kaupungin opetusvirasto rahoitti kehitystyön.